HHU StartMedizinische FakultätmedRSDVeranstaltungen / KurseWissenschaftliche Bildverarbeitung und Analyse

Wissenschaftliche Bildverarbeitung und Analyse

medRSD Workshop

Zielgruppe

Promovierende der Medizin (medRSD Mitglieder)

Promovierende der Naturwissenschaften (iGRAD Mitglieder)

 

Betreuer und Postdocs

Wissenschaftliche Mitarbeiter des UKD

SpracheDeutsch
Workshopdauer2-tägig
Kursplätze15
Kursgebühren

450 € für externe Teilnehmer, für Doktoranden und wissenschaftliche Beschäftigte der Med. Fakultät der HHU ist die Teilnahme kostenlos.

 

Anmeldung

medRSD: Anmeldung siehe unten

iGRAD: Anmeldung über das undefinediGRAD-Office

philGRAD: Anmeldung über das undefinedphilGRAD-Office

AnrechnungIm Ausbildungsprogramm der medRSD:
2 Veranstaltungstage im Bereich Kernkompetenzen
Im Basiscurriculum des PhD-Programms:
2 Veranstaltungstage im Bereich Wissen & Wissenschaft

Termine

Alle Termine ohne Gewähr. Termine für Präsenzveranstaltungen unter vorbehalt.

Wir bitten Sie um eine Rückmeldung, falls die Termine in der Bestätigungsemail von den Angaben auf der Homepage abweichen.

Kursbeschreibung

Der Workshop vermittelt Wissenschaftlern unterschiedlicher Bereiche der Lebenswissenschaften den Umgang, die Verarbeitung und Analyse von digitalen Bildern. Dies reicht von der korrekten mikroskopischen Bildakquise bis hin zum Einbau in die Publikationsabbildung. Neben entscheidenden theoretischen Kenntnissen, sorgen praktische Übungen mittels der professionellen Software Fiji dafür, dass zu allen Themengebieten wissenschaftsethisch korrekte Methoden zur Bildbearbeitung und Analyse erlernt werden. Ein Ziel ist es dabei, so viel Information wie möglich aus den Bilddaten zu extrahieren. Das erlernte kann im Nachhinein mittels des Unterrichtsmaterials einfach wiederholt und vertieft werden. Es werden auch Einblicke in die Automatisierungsmöglichkeiten sich wiederholender Prozessierungsschritte gegeben und eine effiziente Erstellung von Publikationsabbildungen bei gleichzeitigem Erhalt hoher Bildqualität vermittelt.
Darüber hinaus können spezifische Fragestellungen oder Probleme der Kursteilnehmer diskutiert werden, sofern diese zuvor kommuniziert (Mail mit Fragestellung und Beispielbildern) wurden.

Zielgruppe
Doktoranden und PostDocs, die sich mit digitalen Bildern und deren Analyse beschäftigen. Der Workshop hat einen Fokus auf Lebenswissenschaftlichen Anwendungen und Mikroskopie, aber der Inhalt ist generell auf alle Fachgebiete übertragbar. Keine Vorkenntnisse zur Software nötig, aber von Vorteil.

Spezifische Themen sind (unter anderem):

- Grundlagen der Bildakquisition (wissenschaftliche geeignete Bildformate, Metadaten - Informationen hinter dem offensichtlichen Bild, Eigenschaften und Informationsgehalt digitale Bilder (Bit-Depth, Farbräume,...)
- Korrekte Bearbeitung naturwissenschaftlicher Bilder (Verwendung des Intensitätshistogramms, Kontrast, Rotationen, Größenanpassung, Hintergrundreduktion)
- Verwendung verschiedener Bildfilter zur Vorbereitung der Extraktion und weiteren Analyse
- Bildsegmentierung - Extraktion spezifischer Bildinformationen oder Objekten (Zellen, Kerne, Markerfärbungen)
- Automatisches Zählen von Objekten
- Bildskalierung
- Kennzeichnung von Bildern (scale bars, calibration bars,...)
- Quantitative Bildanalyse - Längen, Flächen, Volumen, Oberfläche, Intensitäten
- Wissenschaftsethik im Bezug auf den Umgang mit digitalen Bildern und deren Publikation

Ziel
Der Workshop soll Wissenschaftlern ein besseres Verständnis der "Do's" und "Don'ts" während der Verarbeitung, Bearbeitung und Analyse von digitalen Bildern. Den Teilnehmern werden die Möglichkeiten und Methodiken aufgezeigt, wie sie eine Vielfalt an Informationen aus ihren digitalen Bildern extrahieren können.

Methode
Während der praktischen Übungen wird mit der umfassenden und professionellen Software Fiji (angepasstes ImageJ Bundle) gearbeitet. Die Software ist frei verfügbar und Teilnehmer erhalten Installationsinstruktionen vorab.

Voraussetzungen zur Teilnahme am Online-Kurs

Der Workshop wird online mit einem Videokonferenzsystems durchgeführt. Folgende Voraussetzungen sind hierfür nötig:

Hardware:
- Macbook/Mac oder PC/Notebook
- Ein zweiter Monitor, oder alternativ ein zweites Gerät (z.B. ein Tablet), oder eine Verbindung mit einem Fernsehgerät ist zu empfehlen, da parallel zum Webinar am eigenen Rechner aktiv mitgearbeitet werden muss!
- Eine Kamera ist nicht zwingend erforderlich trägt aber zu besserer Kommunikation bei.
- Mikrofon (die bei den oben genannten Geräten vorhandenen Mikrofone reichen aus)
- Die Verwendung eines Kopfhörers wird dringend empfohlen um EchoEffekte zu verringern.

Software:
- Fiji (eine detaillierte Anleitung zur Installation und Vorbereitung erhalten die registrierten Teilnehmer rechtzeitig vor dem Kurs per Mail
- Als Plattform für den Workshop und die Videokonferenz wird "Zoom" eingesetzt werden. Es ist sinnvoll die Zoom App zu installieren. Es ist KEINE Registrierung bei Zoom erforderlich.

Genauere Informationen und eine detaillierte Anleitung, sowie die Zugangsdaten zum Webinar werden die Teilnehmenden einige Tage vor Beginn des Workshops per E-Mail erhalten. Bitte prüfen Sie auch Ihren SPAM-Ordner.

Verantwortlich für den Inhalt: E-Mail sendenDekanat der Medizinischen Fakultät der HHU